En cooperación con diversas organizaciones donantes internacionales, IIRESODH ejecuta proyectos de gran impacto en las comunidades. El Instituto ha construido una red de expertos y expertas capaces de implementar proyectos en todas las áreas de los derechos humanos, y especialmente en temas de poblaciones en situación de vulnerabilidad. 

Recientemente, el IIRESODH ha colaborado con el Programa de las Naciones Unidas para el Desarrollo en la implementación de una estrategia de litigio ante la Jurisdicción Especial de Paz, en defensa de víctimas del conflicto armado en Colombia. Asimismo, la Embajada del Reino Unido en Costa Rica confió en el IIRESODH para la capacitación de defensores y defensoras de derechos humanos costarricenses y nicaragüenses, con el fin de generar acciones ante los mecanismos de protección de las Naciones Unidas. 

IIRESODH trabaja en cooperación con el CCPR-Centre (Ginebra, Suiza), una ONG dedicada a fortalecer la implementación del Pacto Internacional de Derechos Civiles y Políticos. Así, ambas ONGs han realizado conjuntamente misiones de seguimiento de las recomendaciones del Comité de Derechos Humanos en Costa Rica y en El Salvador.